生物工程專業(yè)是“國(guó)家高等學(xué)校第一類特色專業(yè)建設(shè)點(diǎn)”，在2012中國(guó)大學(xué)專業(yè)排行榜中（來(lái)自武書連《中國(guó)大學(xué)評(píng)價(jià)》）被評(píng)為12個(gè)等級(jí)中的最高級(jí)--A++級(jí)，位列全國(guó)233個(gè)相同專業(yè)高校第5名（前2%）；由中國(guó)科學(xué)評(píng)價(jià)研究中心（RCCSE）、武漢大學(xué)中國(guó)教育質(zhì)量評(píng)價(jià)中心聯(lián)合中國(guó)科教評(píng)價(jià)網(wǎng)推出《2016年中國(guó)大學(xué)及學(xué)科專業(yè)評(píng)價(jià)報(bào)告》中，重慶大學(xué)生物工程專業(yè)水平為5★。
重慶大學(xué)生物工程學(xué)專業(yè)以數(shù)理科學(xué)、生物醫(yī)學(xué)、工程學(xué)為基礎(chǔ)，側(cè)重于培養(yǎng)從事細(xì)胞與基因工程、生物醫(yī)用材料等領(lǐng)域的工程設(shè)計(jì)、生產(chǎn)與科學(xué)研究的高素質(zhì)、復(fù)合型創(chuàng)新工程技術(shù)人才，將生物力學(xué)、生物材料等工程原理方法與細(xì)胞/基因等生物技術(shù)相結(jié)合，具備綜合運(yùn)用數(shù)理方法和生物學(xué)、化學(xué)原理解決醫(yī)療健康復(fù)雜工程問(wèn)題的知識(shí)運(yùn)用和實(shí)踐能力，以及生物工程裝置與設(shè)備的結(jié)構(gòu)與設(shè)計(jì)、工藝設(shè)計(jì)及優(yōu)化、生物醫(yī)藥產(chǎn)品開發(fā)等工程素質(zhì)。